Diagnostics for fMRI

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Version française

Pour vérifier la qualité des données IRMf, et notamment la qualité des séries temporelles et des images fonctionnelles, nous vous recommandons la lecture de la page web suivante : DataDiagnostics

Concernant le diagnostique des séries temporelles,  le code suivant est disponible : CREx_fMRI_QA_tsdiffana.

La figure ci-dessous donne un aperçu des figures générées par ce code pour un sujet donné.

AUDIO_session_1

Par ailleurs, pour vérifier que les mouvements de tête du sujet ne soient pas trop importants, le fichier « rp*.txt » fourni par SPM à la suite de l’étape Realign (voir le menu fMRI Preprocessing pipelines>Realign) peut être visualisé avec le script suivant : CREx_fMRI_DoRealgnFigure

La figure ci-dessous donne un aperçu des figures générées par ce code pour un sujet donné.

RealignFigures

posted by Valérie Chanoine on 2015/08/25

English Version

There are several ways of detecting problems with fMRI datasets. For summary images and times series diagnostics, we recommend you the reading of the following link: DataDiagnostics

For times series diagnostics, see also the code available here: CREx_fMRI_QA_tsdiffana

The figure below provides an overview of figures generated by this code for a given subject.

AUDIO_session_1

Moreover, to ensure that the head  movements of the subject are not too important, the « rp *.txt » file provided by SPM after the Realign step (see fMRI Preprocessing pipelines>Realign menu) can be displayed using the following script: CREx_fMRI_DoRealgnFigure

The figure below provides an overview of figures generated by this code for a given subject.

RealignFigures

posted by Valérie Chanoine on 2015/08/25

Blog du Centre de Ressources pour l'Expérimentation du BLRI