fMRI pipelines for Preprocessing

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Version française

Nous présentons ici les « pipelines » de pré-traitements communément utilisés lors de traitement de données acquises en Imagerie par Résonance Magnétique fonctionnelle (IRMf). Deux options sont proposées.

  • La première option,  sur environnement matlab, repose sur le logiciel « open-source » SPM12 (Statistical Parametric Mapping).
  • La seconde utilise un « docker » (i.e. un environnement clé en main qui contient les librairies nécessaires au pré-traitement des données) connu sous le nom de fMRIPrep, développé par le laboratoire de Poldrack à Stanford.
Deux options de pré-traitement des données IRMf
1. SPM12
2. fMRIPrep

English Version

In this page, we present pipelines for pre- and post-processing functional Magnetical Imaging Resonance (fMRI) data using the open-source package SPM12 (Statistical Parametric Mapping) within the Matlab environment. Two options are proposed.

  • The first option,  on matlab environment, is based on the « open-source » software SPM12 (Statistical Parametric Mapping).
  • The second uses  « docker » (i.e. a turnkey environment  that contains the libraries necessary for pre-processing the data) known as fMRIPrep, déveloped by  the Poldrack laboratory in Stanford.
Two options for pre-processing fMRI data
1. SPM12
2. fMRIPrep
updated byValérie Chanoine on 2020/04/07
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